Shinichi Kudo, é um estudante colegial que investigava por mero acaso, um ato suspeito após sair do parque de diversões. Tratava-se de 2 membros da Black Organization (Organização secreta de criminosos) realizando uma transação. Por azar, ele é descoberto e abatido, sendo feito de cobaia ao experimentar uma droga (de nome APTX 4869) que supostamente era para mata-lo sem deixar rastros. Por alguma causa desconhecida, em vez de morrer, seu corpo volta a ser como de 10 anos atrás, quando era uma criança de apenas sete anos.Agora, o prodígio detetive tem que esconder sua verdadeira identidade e assumir ser apenas uma criança, apesar de sua mente não ter sido afetada, para que as pessoas a sua volta não corram perigo, pois se a organização a qual fez isso com ele descobrir que ele não morreu, certamente irá atrás dele e de todos que estão a sua volta.Assim sendo, Shinichi Kudo adota o pseudônimo de Conan Edogawa e vai morar na casa de sua amiga de infância Ran Mouri, por quem é apaixonado, graças ao Dr. Agasa, o único que sabe sua real identidade, pois segundo ele seria ótimo morar com a Ran porque seu pai Kogoro Mouri é um detetive e Conan teria recursos para investigar a Black Organization.É claro que Shinichi, agora vivendo como Conan, deve se precaver contra quaisquer suspeitas sobre ele, então ele volta a frequentar o ensino fundamental. Lá ele encontra bons amigos e juntos formam uma liga de jovens detetives, auto-denominada Detective Boys.Apesar de estar morando em uma agência de investigação, a vida de Conan não é nada boa, isso porque Kogoro Mouri, pai de Ran, não tem aptidão nenhuma para exercer a profissão de detetive, portanto Conan sempre resolve os casos para ele. Para isso, Conan conta com várias invenções muito úteis do Dr. Agasa, como seu alterador de voz, relógio que dispara uma agulha tranquilizante, skate movido a energia solar e outros.Por conta de estar sempre em contato com sua amada, a história entre Conan e Ran evolui bastante durante a série, mesmo ela não sabendo a real identidade de Conan.Com o avanço da série, surge uma outra personagem muito importante, trata-se de Ai Haibara, uma garotinha de também 7 anos que na verdade é Sherry, integrante da Black Organization e que também tomou uma dose da mesma droga (APTX 4869) que Shinichi, porém por motivos diferentas, ela foi deixada para morte pela organização e tomou a droga com o propósito de suicídio. Como ao invés de mata-la a droga a regrediu para uma criança de sete anos, ela foi capaz de fugir da organização e mudar sua identidade, passando a morar junto com o doutor Agasa.
Personagens:Shinichi Kudo: Personagem principal da série. Shinichi transformou-se em criança após ter sido forçado a tomar um veneno, chamado APTX 4869, criado pela Black Organization.
Conan Edogawa: "Versão criança" de Shinichi. Conan anda atrás da Black Organization para conseguir recuperar seu corpo original. Ele vai viver com Ran e seu pai que ajuda-o no seu trabalho, resolvendo mistérios.
Ran Mouri: Amiga de infância que tem um certo interesse amoroso em Shinichi. Ela não sabe a verdadeira a identidade de Conan. Ela é a única a cuidar dele junto com seu pai, Kogoro.
Kogoro Mouri: Detetive particular e pai de Ran. Separado de Eri Kisaki, mãe de Ran. Grande Detective Mouri é o nome pelo qual fica reconhecido pelos casos que "resolve", já que quem resolve todos os casos é na verdade Conan (Shinichi).
